建立自然保护区能够减少人类活动对湿地的干扰和破坏，是保护湿地及其赖以生存的野生动植物的基本手段。中国从20世纪70年代开始建立湿地自然保护区，截至2004年底，中国已建立湿地自然保护区353处，面积达1600万hm2，使我国44%的天然湿地和33种国家重点保护水禽在保护区内得到了较好保护。这些自然保护区的建立抢救性地保护了一批濒危野生动物的栖息地，在维护湿地生物多样性和湿地资源方面起到了显著的效果。《全国湿地保护工程规划》提出的总体目标是到2030年，使全国湿地保护区达到713个，国际重要湿地达到80个（印红，2005）。